...Papa Pasquale I ebbe un’apparizione da parte della Santa che gli indicò il punto esatto dove erano conservati i suoi resti mortali che non si trovavano più: erano nelle catacombe di S. Callisto. Da qui furono riportati nella sua casa e qui sorse il primo nucleo della basilica.  
Tra il XII e XIII secolo fu aggiunta la costruzione del chiostro, dell’atrio e del campanile. Nel 1599 il cardinale Paolo Emilio Sfondrati fece riesumare il corpo di S. Cecilia, e, avendone costatato l’ottimo stato di conservazione, incaricò Stefano Maderno di scolpire una statua in marmo riproducendo l’esatta posizione in cui si trovava. Tra il XVI e il XVIII secolo, furono svolti vari lavori di restauro, e nel  XVIII secolo fu costruito, per volere di due cardinali, Giacomo Doria e Troiano Acquaviva, il portico monumentale che immette nell’atrio, opera di Ferdinando Fuga.
Tra i tesori d’arte nella basilica la scultura già citata del Maderno; il ciborio di Arnolfo di Cambio; il “Giudizio Universale” di Pietro Cavallini; il mosaico nel catino absidale raffigurante: Gesù benedicente, i Santi Pietro e Paolo, Cecilia, Pasquale I con il nimbo quadrato che ne attesta la condizione di vivente al momento della realizzazione del mosaico (IX secolo), Valeriano e Agata;  l’affresco della volta di Sebastiano Conca “L’apoteosi di S. Cecilia”. Al centro del cortile vi è un “cantharus”, grande vaso di epoca romana.


Papa Pasquale I fondò anche un Monastero, dove, lungo i secoli, si sono susseguite differenti presenze monastiche. Tra il 1344 e il 1419 e poi tra il 1438 e il 1527 il Monastero fu abitato dagli Umiliati , un Ordine nato in Lombardia nella seconda metà del secolo XII, che formulò una regola, le cui fonti principali sono la regola agostiniana e quella benedettina, con l'ideale ispiratore di povertà, lavoro, carità. Comprendeva nella famiglia monastica monaci, monache, laici e laiche che si impegnavano con un propositum di vita evangelica; coinvolgeva diversi stati di vita e condizione sociale. Valorizzava il lavoro femminile integrato con quello maschile. Gli Umiliati esercitarono l'arte della lana. L'Ordine degli Umiliati fu soppresso nel XVI secolo. Il Monastero fu rifondato, con bolla del Papa Clemente VII, il 25 giugno 1527, e affidato ad un gruppo di monache benedettine, che vi si trasferirono l'11 novembre 1527, guidate da D. Maura Magalotta, che ne divenne la prima Abbadessa. Le monache provenivano da Campo Marzio in Roma, dove aveva sede un Monastero, oggi estinto. La comunità di Campo Marzio era originaria della Cappadocia basiliana, e aveva portato a Roma le reliquie di S. Gregorio Nazianzeno, insieme ad una delle più antiche icone della Madonna “Avvocata nostra” attualmente custodita dai rappresentanti in Roma del Patriarcato Siro-Antiocheno, presso Campo Marzio. La Comunità di S. Cecilia, per volere del Papa Sisto V, fondò, un Monastero presso la Chiesa dei SS. Vito e Modesto, che passò alle cistercensi di S. Susanna in Roma.